Talde handienak Orkestra Ikasketen koordinazio-arlotik antolatzen dira. Hiru talderen bitartez garatzen da: Orkestra Sinfonikoa, Musikene Sinfonietta eta Banda Sinfonikoa. Ikasturte osoan, astebeteko zazpi topaketa trinko egiten dira: hiru Orkestra Sinfonikoak, bi Musikene Sinfoniettak eta bi Banda Sinfonikoak. Musikeneren filosofiari jarraikiz, ikasleekin lan egiteko orkestra profesionaletan erabiltzen den planteamenduari jarraitu behar zaio, horrela ikasleak, pixkana-pixkana, musikari profesionalaren bizimodu zorrotzarekin ohitzen joateko. Astebeteko topaketa horietan entseguak egiten dituzte egunero, eta amaitzeko gutxienez kontzertu bat. Mota guztietako estilo eta garaiei heltzen zaie, musika barrokoarekin hasi eta musika sortu berriarekin buka, zuzendari gonbidatuek eta orkestra-ikasketen koordinatzaileak egiten duten proposamen artistikoari jarraikiz, ikasleek askotariko errepertorio zabala ikas dezaten eta esperientzia artistiko motibatzailea eduki dezaten. Talde horiek ikasleentzako plataforma egokia ere badira, eta ikasleek, hautaketa-prozesu zorrotz baten ondoren, bakarlari gisa jo dezakete kontzertuetan.

Musikenek ospe handiko zuzendariak gonbidatzen ditu Orkestra Ikasketen programarako, eta orain artean asko izan dira gure ikasleak zuzentzeko etorri diren ospe handiko zuzendariak, hala nola Alberto Zedda, Colin Metters, José Ramón Encinar, Arturo Tamayo, Antoni Ros-Marbà, Peter Eötvos, Rumon Gamba edo Víctor Pablo Pérez, beste hainbaten artean, José Luis Estellés, Pierre Cao, Jesús Echeverría eta Joseba Torres arloko koordinatzaile eta zuzendariak ahaztu gabe.

Bereziki aipatzekoa da hari-instrumentistentzako Orkestra Ikasketen Masterra, eta horren barruan, Musikene Master String Ganbera Orkestran garatzen den lana. Urtean behin, ganbera-talde horrek nazioarteko ospea duen concertino/zuzendari bat gonbidatzen du —lehen bi edizioetan Gordan Nikolic izan da, eta 2017-18 edizioan Boris Garlitsky—, eta ikasleek harekin programa bat lantzen dute astebetez, eta ondoren kontzertu profesionaletan eskaintzen, nola Musikeneren auditoriumean hala Euskal Herriko beste auditorium eta antzoki batzuetan.

Big Bandaz gain, Jazz-interpretazioa espezialitateak beste hiru talde ere baditu. Adierazpen kolektiboko musika da jazza, inprobisazioa taldearen testuinguruan bakarrik ulertzen duena; hortaz, talde-praktika funtsezkoa da jazz musikari baten prestakuntzan. Musikeneren ikasketa-programetan, Instrumentu Taldea edo Comboa enbor-irakasgaia izan da hasiera-hasieratik lau ikasturteetan, kreditu kopururik handiena Talde-musikaren irakasgaiaren barruan izanik, normalean boskoteen barruan.

Gainera, taldeko derrigorrezko ikasgai bat ere badago –Jazz-talde espezifikoak–, hainbat talde mota eta estilo biltzen dituena: jazz-rock lehenengo mailan, latin-jazz bigarren mailan, hard bop hirugarren eta laugarren mailan; hiruko taldeetarako musika, askotariko instrumentazioarekin. Azkenik, jarduera trinkoak dituzten asteetan, ikasleek Big Band bat osatzen dute, eta, klasikoan egiten den bezala, errepertorio bat prestatzen dute eguneroko entsegu-saioetan; amaitzeko, kontzertu bat edo bi eskaintzen dute.

Ganbera-musikaren arloan, Musikenek prestakuntza sendoa eskaintzen die ikasleei espezialitate bakoitzeko ganbera-literaturako talde adierazgarrienen taldeei dagokienez, hala nola hari-laukotea, haize-boskotea eta metal-boskotea. Talde horien bitartez, oinarrizko errepertorio zabala eta aberatsa lantzen da instrumentu horietarako, espezializatutako irakasleen eskutik. Espezialitate horietarako gai espezifikoak dira, eta hiru urtez ematen dira. Aldi berean, beste instrumentu-talde misto batzuekin konbinatzen dira, ikasleari ikasi nahi duen ganbera-taldea hautatzeko aukera emateko bere interes, proiektu eta errepertorioaren arabera, beste irakasle baten eskutik jasoko duena. Hala, ikastegiko espezialitate guztietako askotariko ikasle-konbinazioak biltzen dira astero Ganbera Musikaren gaiaren inguruan. Saxofoi, txistu edo akordeoien laukoteetarako, ganberako ahots-musikarako edo beste formatu espezifiko batzuetarako tokia ere badago. Ohikoa da ganbera-taldeek hainbat hiritako kontzertu, ziklo eta jaialdietan parte hartzea, besteak beste, Donostiako Musika Hamabostaldi entzutetsuan.

Azkenik, gure ikastegian beste era bateko taldeak sortu ohi dira errepertorioei hainbat instrumentu-konbinazioren bidez heltzeko, eta bereziki musika sortu berria jotzeko.

Talde horietako kide guztiak Musikeneko ikasleak dira, eta ikasle horiek, hainbat irakasle eta zuzendarirekin harremanetan jarriz, balio handiko esperientzia profesionala lortzen dute. Talde horietatik ganbera-musikako taldeak eta ensembleak sortu dira, Musikeneko hormak gaindituz proiektu profesional bihurtu direnak.