El área de estudios orquestales de Musikene incluye a varias agrupaciones de diversa formación como son la Orquesta Sinfónica, la Banda y la Sinfonietta (orquesta de cámara) integradas en su totalidad por estudiantes del centro que realizan esta labor como una asignatura incluida en su plan de estudios. Los conjuntos se preparan en semanas intensivas en las que trabajan, con un director invitado, un programa que culmina con su interpretación en concierto. A estas formaciones se añade la Musikene Big Band, que es igualmente una actividad académica, en este caso dirigida al alumnado que realiza la especialidad de Jazz.

Por último y desde el curso 2015/16, el centro cuenta con la Musikene Master String Orkestra, una agrupación de cuerda que forma parte del máster oficial de estudios orquestales que se realiza en colaboración con la Euskadi Orkestra y la Orquesta Sinfónica de Bilbao. En sus atriles convive alumnado del máster, docentes y músicos profesionales liderados por un concertino-director invitado.

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