Las agrupaciones más grandes se organizan desde el área de coordinación de Estudios Orquestales. Se desarrolla a través de tres formaciones: Orquesta Sinfónica, Musikene Sinfonietta y Banda Sinfónica. A lo largo del curso se realizan siete encuentros intensivos de una semana de duración: tres la Orquesta Sinfónica, dos la Musikene Sinfonietta, y dos la Banda Sinfónica. Es filosofía de Musikene realizar con los alumnos un trabajo con el mismo planteamiento que el empleado en las orquestas profesionales, preparando así al alumnado para la exigente vida de músico profesional. Se trata de encuentros de una semana de ensayos diarios que culmina con al menos un concierto. Se abordan todo tipo de estilos y épocas, desde la música barroca hasta la música de nueva creación, bajo la propuesta artística que realizan los directores invitados y el/la coordinador/a de estudios orquestales en atención al conocimiento de un repertorio diverso y rico que proporcione al alumnado el aprendizaje y una motivadora experiencia artística. Estas formaciones sirven, asimismo, como plataforma para el alumnado que, tras un riguroso proceso de selección, puede acceder a interpretar conciertos como solista.

Musikene invita a directores de reconocido prestigio para su programa de Estudios Orquestales y su alumnado ha sido ya dirigido por batutas tan importantes como las de Alberto Zedda, Colin Metters, José Ramón Encinar, Arturo Tamayo, Antoni Ros-Marbà, Peter Eötvos, Rumon Gamba o Víctor Pablo Pérez, entre muchos otros, sin olvidar a los propios directores y coordinadores del área como José Luis Estellés, Pierre Cao, Jesús Echeverría y Joseba Torre.

Mención aparte merece el Máster de Estudios Orquestales para instrumentistas de cuerda, dentro del que cabe destacar el trabajo que se desarrolla en la Orquesta de Cámara, la Musikene Master String Orkestra. Esta agrupación camerística  cuenta cada año con un concertino/director de renombre internacional –en sus dos primeras ediciones ha sido Gordan Nikolic y en el curso 2017-18 Boris Garlitsky- con quien los alumnos trabajan a lo largo de una semana un programa que posteriormente ofrecen en conciertos profesionales, tanto en el auditorio de Musikene como en otros auditorios y teatros del País Vasco.

Además de la Big Band, la especialidad de Interpretación-jazz cuenta con otras agrupaciones propias. Siendo el jazz música de expresión colectiva, donde la improvisación no se entiende sino en el contexto del grupo, en la formación de un músico de jazz la práctica de conjunto es fundamental. En los programas de estudios de Musikene el Conjunto instrumental o Combo ha sido desde el inicio una asignatura troncal durante los cuatro cursos, con el mayor peso en créditos dentro de la materia Música de conjunto, habitualmente en formaciones de quinteto.

Además, existe una asignatura obligatoria de conjunto denominada Agrupaciones específicas de jazz, que da cobertura a diferentes estilos y tipos de agrupación: jazz-rock en primer curso, latin-jazz en segundo, hard bop en tercero y en el cuarto curso música para formaciones de trío con instrumentaciones diversas. Por último, durante las semanas de actividades intensivas el alumnado se agrupa en una Big Band donde, al igual que en clásico, preparan un repertorio en sesiones de ensayo diarias que culminan en uno o dos conciertos al final de las mismas.

En el ámbito de la música de cámara Musikene proporciona al alumnado una sólida formación en los grupos más representativos de la literatura camerística de cada especialidad como son el cuarteto de cuerda, el quinteto de viento y el quinteto de metales. Mediante estas formaciones se trabaja un repertorio amplio, rico y fundamental para estos instrumentos y se cuenta con la docencia de profesores especializados. Constituyen materias específicas para estas especialidades y se imparten durante tres años, al mismo tiempo que se combinan con otras formaciones instrumentales mixtas, de modo que el alumnado, según sus intereses, proyectos y repertorio elige la agrupación camerística que desea cursar y que será impartida por otro docente. Así, la materia de Música de cámara reúne semanalmente en variadas combinaciones a estudiantes de todas las especialidades del centro.

Asimismo, tienen cabida otros formatos específicos como cuarteto de saxofones, de txistus, de acordeón o la música vocal de cámara. Es habitual la participación de las formaciones de cámara en conciertos, ciclos y festivales que tienen lugar en diversas ciudades, algunos de ellos tan importantes como la Quincena Musical de San Sebastián.

Por último, en nuestro centro se crean frecuentemente otras agrupaciones para abordar repertorio con diversas combinaciones de instrumentos, especialmente para interpretar música de nueva creación. Los integrantes de todas estas formaciones son en su totalidad estudiantes de Musikene, quienes mediante el contacto con diferentes profesores y directores adquieren una valiosa experiencia profesional. De estas formaciones han surgido grupos de música de cámara y ensembles que han traspasado los muros de Musikene y se han convertido en proyectos profesionales.